Los órganos de Gobierno, Gestión y Representación de la FAN, se regulan en los Estatutos enmarcados en el TÍTULO II, Capítulos I a V y son:
ASAMBLEA GENERAL:
Es el órgano supremo de gobierno y representación, y está integrada por clubes y secciones deportivas, deportistas, entrenadores y técnicos, así como jueces y árbitros (artículo 17 a 25).
Los componentes de la Asamblea General se eligen cada cuatro años, coincidiendo con aquellos en los que se celebren los Juegos Olímpicos de verano, mediante sufragio libre, igual, directo y secreto, entre los miembros de la FAN con derecho a voto. Se regulan por el Reglamento Electoral de la FAN y disposiciones superiores:
La Asamblea General se constituyó una vez finalizado el proceso electoral de la FAN en julio de 2020, y queda conformada según se refleja en el acta de proclamación de la Comisión Electoral Federativa:
PRESIDENTE/A DE LA FEDERACIÓN:
Es el órgano de gobierno de la FAN y ostenta la representación legal de la Federación entre otras funciones estatutarias (artículos 26 a 32).
Se elige el cargo por la Asamblea General y dentro de los procesos electorales federativos.
LA JUNTA DIRECTIVA:
Es el órgano colegiado de gestión de la FAN, está integrada por el Presidente de la FAN, por, al menos, un Vicepresidente, por los Delegados Provinciales y los vocales que el Presidente designe libremente (artículos 33 a 35).
LA COMISIÓN EJECUTIVA:
Es un órgano de gestión de la FAN con la función específica de asistir a la Junta Directiva, resolver sobre aquellos asuntos de la actividad de la Federación que le sean sometidos por el Presidente, y aquellas otras facultades de la Junta Directiva que le sean expresamente delegadas.
Los componentes de la Comisión Ejecutiva deberán ser miembros de la Junta Directiva.